三、治理体系：大学的"骨架"
具有合法基础的大学，要实现其核心使命还要有大学治理体系的支撑。这一体系既是大学资源获取、分配的权力机制，也是大学实现其使命定位所需要的组织架构和制度安排。对于中国的大学而言，大学内部组织制度并非完全是源自大学自身的原生性制度，而是宏观社会制度对大学组织内的投射，因此，重点讨论大学内部治理体系与结构也要涉及一些不属大学自决领域的问题。对于这些问题，仅靠大学之力并不能真正解决，需要宏观社会环境和政治体制改革作为基础。
（一）完善现代大学治理要责权利结合，解决好大学组织架构及利益相关者履职形态问题
大学属于公共部门，是典型的利益相关者组织。各利益相关者，如作为学术主体的教师，作为行政主体的管理者，及政府出资人、社会赞助者和用人单位所构成的社会主体等，都"将自己所拥有的独特资源带给大学"，在大学的发展中，发挥不可替代的作用。现代大学治理体系必须要充分体现利益相关者的参与权力和机会。近年来，主要发达国家高等教育改革的核心内容是调整大学自治和政府治理的关系，给予大学更多自由与自治，刺激大学内在发展活力。我国高等教育改革基本上也沿这一方向前进。
在大学内部，治理体系建设也要充分考虑大学不同利益群体间（党委、校长、校务委员会、学术委员会、学院、教授、学生、行政人员等）的权责分配、角色关系及功能重构等，如党委和行政、学校及院系、行政管理与学术主体之间的权责分工与监督制衡、教学主体与客体之间的关系等。
从组织架构的角度来看，目前国内综合型大学大多设有众多校级机构，也有校务委员会、校学术委员会、校学位评定委员会、校专业技术职务聘任委员会等不同类型的专业委员会。但从治理关系和功能上来看，这些机构存在性质模糊、职能不清、边界重合及各自为政等问题。
1.明确党委和行政的权责分工，实现党、政系统的功能互补。党委领导下的校长负责制是我国高等教育管理体制的特色，不能简单地理解为上、下级，或领导与被领导关系。党委对大学发展的政治方向把关，对重大事项具有决策权。大学校长是大学法定代表人和大学教学、科研和社会服务等行政管理负责人。大学党、政系统并存，要明确权力边界，实现管理功能互补。大学作为学术组织的特性使校长并非是党委决策的被动执行者，在涉及学校教学、科研和其他行政管理的工作中，要充分发挥校长的作用和决策力。
2.建立和完善教授治学的学术体制，赋予基层组织更多学术自主权。和注重产出、以"业绩主导"的企业不同，大学是"声望主导型"组织，其内部治理更强调学术声望、学术地位与影响力的作用。以学科为基础组建的院、系或研究中心是大学教学研究活动开展的基本单位，以学术权威或学科领袖为代表的学术力量是大学声望和影响力的重要表现。由于不同学科领域知识活动的独特性，很多教学研究活动不能在学校一级进行统一管理，而且强调行政隶属和层级关系的管理方法在大学这一"学术共同体"（或学者共同体）中也很难行得通。因此，大学应遵循学术组织的基本规则，建立以教授治学为核心的学术管理体制，强化院系在学术管理方面的"主体"地位，提高院系在教学科研活动中的自主权。同时通过学术竞争、管理问责制等，使学术力量，特别是院系管理者向校长负责，向学术共同体的所有人负责，向社会负责。具体说来，当前要完善院、系的教授会、学术委员会、人才委员会等基层学术组织建设，使之成为代表学术权力的重要机构。院、系的人才引进、教师聘任、学科发展、专业设置等重要问题要经过教授会或学术委员会议决。实行院（系）教授会决策基础上的院长（系主任）负责制。用学校管理重心下移激发学术组织的内部活力。
（二）完善现代大学治理要以人为本，处理好不同群体的利益诉求及参与问题
大学作为学术机构，其"人力资本的价值远远超过固定资产的价值"，在大学中教师的"学术职业处于学术机构的心脏。特别是那些最具探索与创造活力的教授，是大学核心竞争力的代表。
1.稳妥推进人事分配制度改革，完善学术人力资源激励制度。高校人事制度改革一直是高校、乃至于社会改革的难点。近年来，国内许多高校都在大力推进以岗位聘任为核心、以业绩和水平为导向、强调竞争和减员增效的人事分配制度改革，一些高校将教师分成几个系列管理，用长聘、特岗、绩效工资、非升即走等方式，激发教师的工作热情和学术生产力。在高等教育越来越受到国际化、市场化、大众化影响的今天，总的说来，我国高校人事分配制度改革的大方向正确，采取的措施也很有力。但高校考核急功近利，行政色彩浓厚，高校薪酬市场竞争力不高，教师对人事分配制度满意度低，青年教师生存压力大等现实问题却未能得到真正解决。
学界早有研究说明：学术职业具有学科专业（discipline）与组织机构（institution）的双重归属，而且学术职业人的学科归属度往往要高于组织归属度。他们视学术共同体的"承认"为富贵财产，薪酬、职称等不仅是个人劳动所得回报，更是学术共同体内部的"荣誉"分配，是学术职业人的尊严所在。因此，高校人事分配制度改革不能仅从技术层面考虑，不能局限于物质资源及利益分配，甚至不能只强调大学及国家需要，要考虑学术特性，正视学科差异、尊重学术职业人的职业尊严。高校人事分配制度改革不能只为一时的减人增效，只看短期的轰动效果。更要有长期稳定、符合大学愿景（Vision）和使命（Mission）、有利于不同学科发展、能激发教师队伍活力的核心理念与原则。如美国终身教授制（Tenuetrack）背后蕴藏的理念是在保证学术标准的前提下保障学术自由：一方面通过设立终身教职岗位保证学界学术自由不受行政当局侵犯，另一方面也通过竞争终身教职的过程保证学术自由不被平庸、无能之辈玷污。学术职业的最初几年可以说是学术规训和适应期，青年才俊要以明确的学术志向、卓越的学术成就、优秀的学术品性获得学界认可。进入终身教职后，即成为学术共同体的中坚力量，不仅享受政治上的宽容、经济上的优待、职业上的特殊保证等利益，也要承担引领学术方向、丰富学术创造、维护学术尊严等职责。因此，终身教职并不仅是学术选拔、淘汰制，而是综合考虑学术职业特性、学者个体利益、学界与社会关系的复合型制度设计。
2.建立透明公开的沟通交流机制，形成不同利益群体表达诉求、参与治理的平台。正处在转型期的我国社会及高等教育，利益群体日益多元，利益关系日趋复杂。处于这种环境中的大学必须意识到平衡利益关系、梳通表达渠道的重要性。学校的教职工代表大会应成为学校管理层与教职员工沟通、交流的平台，其日常工作也应为利益多元群体表达诉求、化解矛盾、缓和冲突、在交流中建立理解、形成共识提供便利。大学要不断完善教职工代表大会制度，形成上下互动的协商治理模式，促进大学内部治理的民主化。
